میکروبیولوژی پزشکی شاخه ای از میکروبیولوژی و پزشکی است که به مطالعه میکرو ارگانیسم هایی که در پزشکی اهمیت دارند و قادر به ایجاد بیماری های عفونی در انسان هستند، می پردازد.

عملکرد اصلی آزمایشگاه میکروبیولوژی بالینی، بررسی وضعیت عفونی یا غیر عفونی بردن نمونه های ارسالی (یا درخواستی) به آزمایشگاه مانند ادرار، مدفوع، مایع مغزی- نخاعی (CSF)، اسپرم و انجام کشت میکروبی از بعضی اندام های بدنی مانند بینی، گلو، چشم، گوش و …. می باشد. هدف از انجام هر کدام از کشت های فوق شناسایی میکروارگانیسم مهاجم و بیماری هایی که باعث اختلال در سیستم دفاعی بدن شخص شده است.

پس از انجام کشت در صورت مثبت بودن آن با استفاده از دیسک های آنتی بیوگرام نوع آنتی بیوتیک مناسب جهت حذف عامل مهاجم از بدن به پزشک گزارش در نهایت با تشخیص ایشان جهت درمان اقدام می گردد.

رعایت اصول اولیه گرفتن هر کدام از نمونه ها و ارسال آنها به آزمایشگاه از الزامات اصل و در نتیجه جواب مناسب برای پزشک و بیمار خواهد بود.